Depuis 2008, le SRTC propose aux agriculteurs, sur la base du volontariat, des contrats MAET. Ces mesures, d'une durée de 5 ans, encouragent les agriculteurs à mettre en place différentes pratiques permettant d'améliorer la qualité de l'eau ou la biodiversité en bordure des étangs, en contrepartie d'une rémunération proposée par l'Europe (deuxième pilier-développement rural), l'Etat et la Région Rhône-Alpes.
Comme son nom l'indique, chaque MAET est proposée sur un territoire bien déterminé pour répondre à un ou plusieurs enjeux comme l'amélioration de la qualité de l'eau.
La carte suivante présente les différents territoires MAET présents sur le périmètre du SRTC. Pour les territoires Chalaronne aval et Fonds de vallées humides, le SRTC porte seul ce projet. Sur la Dombes, le porteur de projet est la Chambre d'Agriculture de l'Ain, en partenariat avec le SRTC et le Syndicat Mixte Veyle Vivante.
Le principal outil de communication utilisé pour promouvoir ce dispositif est une plaquette, conçue et imprimée par les syndicats de rivière et la Chambre d'Agriculture, et envoyée à l'ensemble des agriculteurs du territoire.
Dans le périmètre du SRTC, pour les campagnes 2008, 2009 et 2010, 35 contrats ont été montés sur la partie aval (budget global tous financeurs de 248 313 €) et 64 contrats dans la Dombes (budget global tous financeurs de 715 219 € pour la partie de la Dombes dans le périmètre du SRTC).
Le tableau suivant présente l'ensemble des MAET proposées dans le périmètre du SRTC en 2010.
| Enjeu | MAET proposées | Territoires proposant les MAET en 2010 | |||
| Chalaronne aval | Fonds de vallée humide | Dombes – Bassins versants | Dombes – Natura 2000 | ||
| Qualité de l’eau – Pollutions diffuses | Bandes enherbées au-delà de la réglementation en bordure de fossés | + | + | + | + |
| Limitation de fertilisation sur prairies | + | ||||
| Entretien des haies | + | + | + | + | |
| Cultures intermédiaires (ex. moutarde) | + | + | + | + | |
| Entretien des fossés hors action du SRTC | + | + | |||
| Restauration et entretien des mares | + | + | |||
| Natura 2000 – biodiversité (nidification des oiseaux) | Aménagement du pâturage pour favoriser la nidification | + | |||
| Retard de fauche sur prairie | + | ||||
| Amélioration du gel PAC (ancienne jachère) pour favoriser la nidification | + | ||||
| Conversion de grandes cultures en prairies | + | + | |||
