Les bords des rivières sont naturellement pourvus d'une bande boisée (appelée ripisylve) plus ou moins large composée d'espèces caractéristiques et aimant vivre « les pieds dans l'eau ».
Parmi les espèces les mieux adaptées et les plus répandues le long de nos cours d'eau on trouve l'Aulne (également appelé Verne ou Vergne). Ses racines très développées plongent dans l'eau. En plus de maintenir les berges, il crée des zones de refuge pour la faune piscicole. Une fois coupée, la souche redonne naissance à plusieurs troncs que l'on appelle « cépée ».
On rencontre également différentes espèces de saules : le saule blanc peut atteindre une grande taille, avec l'âge il devient cassant, en le taillant « en têtard » régulièrement on limitera son poids sur les berges et il fournira du bois de chauffage. D'autres saules arbustifs, communément appelés « Vorgines » sont de très bons stabilisateurs de berges. Ils se bouturent très facilement et poussent rapidement. Ils sont utilisés depuis le moyen âge pour protéger les berges.
Les frênes, également très présents, poussent plutôt au sommet de la berge.
Les peupliers présents sur les bords de rivière proviennent, pour la plupart, de plantations et ne sont pas adaptés aux berges. Ils sont souvent les premiers à être déracinés. Il est conseillé de reculer les plantations de peupliers à une dizaine de mètres de la berge. Le peuplier noir quant à lui est naturellement présent le long des cours d'eau. Il est malheureusement de plus en plus rare et très souvent hybridé avec les peupliers de culture.
Ces espèces caractéristiques sont concurrencées selon les secteurs par des espèces végétales introduites par l'homme, qui colonisent les berges des rivières au détriment des espèces locales. Ces espèces invasives ont fait leur apparition il y a une dizaine d'années sur la Chalaronne. La plus répandue est la Rénouée du Japon qui a presque colonisé l'intégralité de l'aval de la Chalaronne de St Etienne à Thoissey.
La Renouée du Japon est une espèce pionnière originaire d'extrême orient qui envahit les terres à nu et empêche les autres espèces de s'implanter. Son système racinaire superficiel ne permet pas un maintien efficace des berges et favorise leur érosion.
