Les territoires de Dombes-Chalaronne-Bords de Saône regroupent 10 bassins versants correspondant chacun a un affluent de la Saône (du Nord au Sud): l'Avanon, le Romaneins, la Chalaronne et ses affluents (le Moignans, le Relevant, la Brévonne), le Jorfond, la Petite Calonne, le Râche, la Calonne , l'Appéum, la Mâtre et le Rougeat formant chacune un bassin versant (Cf. carte interactive).
Toutes ces rivières ou presque prennent leur source sur le plateau de la Dombes avant de plonger vers le Val de Saône :